在“拳皇99’”的基础上，2000更易操作，强化型援护攻击的导入，在援护攻击方面战术应用显得至关重要。SNK中的历代角色作为援护攻击角色出现，使得拳皇2000可以称得上是SNK游戏中的集大成者。

大会背景：

背叛了NEST·S的K’和马克西马，一直在各地的NEST·S研究所进行破坏，而军方也希望把二人捕获，因此再次举办K.O.F.大会企图引出二人;可是，这一次行动的指挥却不是哈迪伦(Heidern)上校，而是军方的高层”凌”(Ling)司令。

凌司令就是哈迪伦身后的这个人

另一方面，一直留意著NEST·S的动向的草薙京得知今届K.O.F.大会并非由NEST·S 举办，大感疑惑。K’和Maxima在军方派出的特务“Vanessa”的刻意安排下再次以种籽选手的身份参加大会，

巴妮莎Vanessa，军方特务，铁拳辣妹

雷蒙，摔跤手，个性略微逗比，暗恋巴妮莎

而K’和马克西马的前队友红丸和真吾也联同红丸的旧友兼军方的特务“Seth”，和中国传说中的暗杀组织「飞贼」的四天王之一---「麟」组成「红丸队」参赛。NEST·S高层Diana和Foxy对于是次K.O.F.大会的动机感到怀疑，同时也察觉有同等权力权力的Zero有异样的动静;在「K.O.F.大会可能和Zero有关」的推测下， Diana和Foxy派出本是为对抗K’而制作的改造人“Anti K”——Kula Diamond（库拉）欲妨碍K.O.F.大会。

麟，中国河北人，飞贼一族，擅长用毒

就这样各方势力带着自己的目的参与到了KOF2000的比赛中，经过激烈的角逐，大会来到了第五轮，下面的剧情主要以K队为主视角，会穿插部分其他涉及主线的角色剧情

首先如果玩家达成了分数条件，库拉（也就是小BOSS）会在第四轮就提前乱入，此时会出现特殊剧情，首先是音巢的系统被黑，出现故障，然后是神秘人向库拉下达开始行动的命令，并且提到了要对付的人是“克隆零”：

音巢系统被黑

要开始了，KULA

你要破坏掉克隆零的计划

酝酿情绪中...

冰女觉醒了！

然后当和库拉战斗完毕后，会出现特殊剧情：

系统恢复了

似乎是被什么人做了手脚

监视器有拍到部分影像

？：ANTI K DASH呢

玩家：你说什么？

？：没有，我自言自语

然后第五轮的战斗结束之后，也会出现剧情，：格斗家队伍已经进入了比赛区域，K处于中心位置，但是似乎出现了一些偏差...

现在进入决胜局的队伍已经入南镇，目标工厂区域。K DASH在中央位置

和预定的偏差太远了

凌：这个问题不是很大

哈迪伦：这是什么意思？凌？

凌：就是说还在计划之内

这时凌开始慢慢说出了他的真实目的，而哈迪伦自始至终都被蒙在鼓里

凌：把进入决赛的队伍带到升降机里

凌：完了以后一进去就马上开动机器

哈迪伦：用升降机将他们带走？没听说过啊

凌：现在作战指挥权在我手上，你当然不知道了

原来凌已经准备好了卫星兵器——零式加农炮

准备好了发电机的传送后，发射零式加农炮

哈迪伦：连卫星兵器也，为什么呢？

哈迪伦：连卫星兵器也，为什么呢？

哈迪伦表示非常不理解，开始质问凌，然而凌突然撕开了他的面具......

哈迪伦：这次举办KOF就是为了抓住K DASH和MAXIMA，然后找到NESTS的老巢。是吗？啊！

凌：表面上是这样的

反水了

你要做什么？？

凌终于透露了自己的计划，也就是00计划，但是并没细说太多

对于PROJECT 00来说，你只不过是个观众

而主角则是我

下面镜头切换到格斗家的身上，大家来到了大会的最终舞台

玩家：可能没那么简单

然后凌登场，宣布了00计划正式启动

凌：差不多纪念演出可以开始了

这时格斗家们才发现，自己原来身处地下，与此同时凌终于现身了...